Les origines de la Chapelle et des bâtiments attenants remontent au début du XIIème siècle, et leur histoire est riche en rebondissements.
Le lieu est alors un monastère de religieuses, les moniales de la Chaux soumises à la règle de Saint Benoit, et deviendra prieuré vers 1300. Les sœurs, se sentant seules et exposées à tous les dangers, le quittent vers 1303 pour chercher protection auprès de la Communauté de Lancharre. Il ne reste alors que la Chapelle et des bâtiments en mauvais état. La messe y est toutefois célébrée grâce à la ténacité de la prieure qui obtient d'un moine de Tournus qu'il assure les offices. En 1477, Cuisery est pillé par les Allemands et l'antique statue de la Vierge mère détruite. Quelques années plus tard, une chapelle plus petite est reconstruite égalant les 2/3 de la nef actuelle, puis de nouveau saccagée en 1568 par les Calvinistes qui égorgent 6 chanoines et ravagent Cuisery. En 1658, 500 soldats du parti de Condé pillent une nouvelle fois la ville.En 1660, alors que l'édifice religieux menace de s'écrouler, Nicolas de Ruffin de Ponthet rachète la seigneurie de La Chaux et fait remplacer la voute par un plancher de bois.XIIème siècle : Début du siècle : Le site est un monastère de religieuses, les moniales de la Chaux soumises à la règle mitigée de Saint Benoît. XIVème siècle Vers 1300 : Les moniales deviennent Bénédictines et le monastère se transforme en prieuré. La Chaux se place sous l'obédience de Lancharre. Après 1303 : Les religieuses, n'ayant plus de protecteur et se sentant seules et exposées à tous les dangers, rejoignent la communauté de Lancharre. A leur départ, il ne reste que la chapelle et des bâtiments en mauvais état. Toutefois, la messe s'y célébre avec régularité, grâce à la vigilance de la prieure qui s'engage à fournir une somme de 26 livres par an pour le service, et obtient d'un moine de Tournus d'assurer les offices.
XVème siècle : 1477 : Cuisery est pillé par les Allemands et l'antique statue de la Vierge mère (probablement assise) est détruite. Fin du siècle : la chapelle est reconstruite, d'une dimension correspondant au 2/3 de la nef actuelle. XVIème siècle 1568 : Les calvinistes ravagent Cuisery, saccagent l'église et égorgent six chanoines. XVIIème siècle 1658 : 500 soldats du parti de Condé saccagent à nouveau la ville de Cuisery et la pillent. 1660 : La chapelle menace de tomber en ruine. Nicolas de Ruffin de Ponthet rachète la seigneurie de la Chaux aux dames de Lancharre, et fait remplacer la voûte de la chapelle par un plancher en bois.
XVIIIème siècle : 1704 : Charles de Ruffin (petit-fils de Nicolas) cède la chapelle à l'évêque de Châlon qui nommera les chapelains jusqu'à la révolution de 1789. 1754 : des travaux de restauration complète de l'ensemble des bâtiments sont entrepris. 1790 : La Chaux est vendue comme bien national à deux ouvriers Chalonnais, puis rachetée vers 1816 par Monsieur Py, géomètre à Cuisery. La Chapelle perd sa cloche en 1793.
XIXème siècle : 1846 : M. Henri Tupinier, principal souscripteur d'une adjudication faite au nom de la fabrique de Cuisery, devient propriétaire légal au prix de 7000 Frs.
1856 : le bâtiment de la Chapelle est reconstruit pour un devis total de 19 000 Frs. 1860 : L'évêque d'Autun confie le service aux Prémontres de Frigollet. 1867 : L'abbé Magnon, ancien secrétaire de la Compagnie de Jésus, les remplace. 1870 : Les religieux de St Camille de Lelllis (à l'époque résidant en Italie) signent une convention avec M. Tupinier qui leur cède à titre de bail la Chapelle et ses dépendances, pour une durée de 10 ans, avec la promesse de leur céder la propriété complète au bout de ce terme, à condition que leur établissement présente certaines garanties de stabilité et de durée. 1877 : Les R.P. Carméliens, beaucoup trop à l'étroit, s'entendent avec M. Tupinier pour construire un monastère. Cette convention est faite sous forme de bail. Pour construire, ils empruntent 15 000 Frs, 3 000 à l'Évêché et 7 000 à la caisse retraite d'Autun. Quelques mois avant qu'ils deviennent effectivement propriétaires des bâtiments ainsi construits, Jules Ferry prononce l'expulsion des Ordres Religieux d'hommes non autorisés, et fait apposer les scellés. Le monastère des Carméliens n'est pas terminé alors qu'ils sont contraints de partir, ne laissant à La Chaux que trois religieux qui y organisent une maison de retraite pour les prêtres. 1898 : Ils quittent définitivement La Chaux; comme ils n'ont pas remboursé les prêts, ils offrent à Mgr Perraud leur maison inachevée en règlement de la dette. Le 23 janvier 1898, Mgr Perraud écrit au préfet pour redemander l'ouverture de la Chapelle et l'obtient sous certaines conditions.
XXème siècle 1906 : La réouverture de la Chapelle devient possible grâce à la séparation de l'Eglise et de l'Etat. 1907 : M. Tupinier est donc propriétaire légal de la Chapelle et des terrains acquis avec le produit de la souscription. L'Évêché est propriétaire de fait du monastère inachevé des Carméliens construit sur le terrain appartenant à M. Tupinier. 1914-1918 : Les prisonniers allemands occupent les bâtiments qui environnent la Chapelle. 1918 : Le pèlerinage du 8 septembre réunit 4 000 pèlerins sous l'impulsion du Chanoine Prudhon. 1932 : La semaine religieuse signale 4 000 personnes et en 1933, plus de 4 000 personnes. 1939 et 1940 : L'abbé André Mazoyer étant mobilisé puis fait prisonnier, il n'y a pas de pèlerinage. 1945 jusqu'en 1948 : L'abbé Mazoyer, nommé curé de St Christophe en Bresse, assume la charge du pèlerinage. 1948 : L'abbé Robin, curé de Cuisery, reprend le pèlerinage. 1967 : L'Abbé Lescalier, curé de Cuisery, reprend le pèlerinage à la suite de l'Abbé Robin. Les bâtiments ne sont pas entretenus depuis de nombreuses années et tombent en ruine, certains planchers sont éventrés, les toitures béantes et les menuiseries en très mauvais état. L'Abbé Lescalier contacte tout d'abord le Frère René Didier Jean, principal des Carméliens, qui se déplace lui-même pour commencer la remise en état d'une partie du rez-de-chaussée. Puis avec le concours de l'association présidée par Mtre. Bonniaud, différentes orientations sont envisagées, dont la création d'une maison d'accueil pour les malades. Cette solution, trop contraignante, est abandonnée. On décide de remettre le lieu en état, dès que l'Abbé Lescalier trouve des personnes capables de prendre en charge ces bâtiments, afin d'accueillir des personnes en difficulté passagère, en état de G.A.D. (Gêne, Angoisse, ou Détresse) et de leur proposer M.T.P. (Méditation, Travail, Prière). 1981 : Le 6 janvier, deux dames se présentent, sœur Blandine et Josée. Elles proposent de prendre en main cette entreprise, et malgré le froid et l'absence de chauffage, elles logent dès la première nuit dans les lieux. Les travaux de remise en état démarrent aussitôt et sont menés "tambour battant". Ils représentent 2 100 00 Frs de dépenses, financées essentiellement par des amis de La Chaux. Elles comprennent la construction d'un bâtiment annexe au bâtiment principal servira jusqu'à aujourd'hui d'atelier de fabrication de sandales. Sœur Blandine gère l'ensemble, sous l'égide de l'association "Le Temps de Vivre" jusqu'en 1990. 1992 : La Communauté "Les Béatitudes" reprend le flambeau. En dehors de ses occupations traditionnelles, elle réalise un grand nombre de travaux pour parfaire ceux déjà effectués ou pour améliorer et compléter l'ensemble. Le montant est évalué à 400 000 Frs. Actuellement, l'ensemble des bâtiments et la Chapelle est la propriété de l'association "Notre Dame de Lachaux", qui en a jusqu'à aujourd'hui donné la jouissance exclusive à la "Communauté les Béatitudes", et ce gratuitement en échange de l'entretien des locaux.
XVIIIème siècle : 1704 : Charles de Ruffin (petit-fils de Nicolas) cède la chapelle à l'évêque de Châlon qui nommera les chapelains jusqu'à la révolution de 1789. 1754 : des travaux de restauration complète de l'ensemble des bâtiments sont entrepris. 1790 : La Chaux est vendue comme bien national à deux ouvriers Chalonnais, puis rachetée vers 1816 par Monsieur Py, géomètre à Cuisery. La Chapelle perd sa cloche en 1793.
XIXème siècle : 1846 : M. Henri Tupinier, principal souscripteur d'une adjudication faite au nom de la fabrique de Cuisery, devient propriétaire légal au prix de 7000 Frs.
1856 : le bâtiment de la Chapelle est reconstruit pour un devis total de 19 000 Frs. 1860 : L'évêque d'Autun confie le service aux Prémontres de Frigollet. 1867 : L'abbé Magnon, ancien secrétaire de la Compagnie de Jésus, les remplace. 1870 : Les religieux de St Camille de Lelllis (à l'époque résidant en Italie) signent une convention avec M. Tupinier qui leur cède à titre de bail la Chapelle et ses dépendances, pour une durée de 10 ans, avec la promesse de leur céder la propriété complète au bout de ce terme, à condition que leur établissement présente certaines garanties de stabilité et de durée. 1877 : Les R.P. Carméliens, beaucoup trop à l'étroit, s'entendent avec M. Tupinier pour construire un monastère. Cette convention est faite sous forme de bail. Pour construire, ils empruntent 15 000 Frs, 3 000 à l'Évêché et 7 000 à la caisse retraite d'Autun. Quelques mois avant qu'ils deviennent effectivement propriétaires des bâtiments ainsi construits, Jules Ferry prononce l'expulsion des Ordres Religieux d'hommes non autorisés, et fait apposer les scellés. Le monastère des Carméliens n'est pas terminé alors qu'ils sont contraints de partir, ne laissant à La Chaux que trois religieux qui y organisent une maison de retraite pour les prêtres. 1898 : Ils quittent définitivement La Chaux; comme ils n'ont pas remboursé les prêts, ils offrent à Mgr Perraud leur maison inachevée en règlement de la dette. Le 23 janvier 1898, Mgr Perraud écrit au préfet pour redemander l'ouverture de la Chapelle et l'obtient sous certaines conditions.
XXème siècle 1906 : La réouverture de la Chapelle devient possible grâce à la séparation de l'Eglise et de l'Etat. 1907 : M. Tupinier est donc propriétaire légal de la Chapelle et des terrains acquis avec le produit de la souscription. L'Évêché est propriétaire de fait du monastère inachevé des Carméliens construit sur le terrain appartenant à M. Tupinier. 1914-1918 : Les prisonniers allemands occupent les bâtiments qui environnent la Chapelle. 1918 : Le pèlerinage du 8 septembre réunit 4 000 pèlerins sous l'impulsion du Chanoine Prudhon. 1932 : La semaine religieuse signale 4 000 personnes et en 1933, plus de 4 000 personnes. 1939 et 1940 : L'abbé André Mazoyer étant mobilisé puis fait prisonnier, il n'y a pas de pèlerinage. 1945 jusqu'en 1948 : L'abbé Mazoyer, nommé curé de St Christophe en Bresse, assume la charge du pèlerinage. 1948 : L'abbé Robin, curé de Cuisery, reprend le pèlerinage. 1967 : L'Abbé Lescalier, curé de Cuisery, reprend le pèlerinage à la suite de l'Abbé Robin. Les bâtiments ne sont pas entretenus depuis de nombreuses années et tombent en ruine, certains planchers sont éventrés, les toitures béantes et les menuiseries en très mauvais état. L'Abbé Lescalier contacte tout d'abord le Frère René Didier Jean, principal des Carméliens, qui se déplace lui-même pour commencer la remise en état d'une partie du rez-de-chaussée. Puis avec le concours de l'association présidée par Mtre. Bonniaud, différentes orientations sont envisagées, dont la création d'une maison d'accueil pour les malades. Cette solution, trop contraignante, est abandonnée. On décide de remettre le lieu en état, dès que l'Abbé Lescalier trouve des personnes capables de prendre en charge ces bâtiments, afin d'accueillir des personnes en difficulté passagère, en état de G.A.D. (Gêne, Angoisse, ou Détresse) et de leur proposer M.T.P. (Méditation, Travail, Prière). 1981 : Le 6 janvier, deux dames se présentent, sœur Blandine et Josée. Elles proposent de prendre en main cette entreprise, et malgré le froid et l'absence de chauffage, elles logent dès la première nuit dans les lieux. Les travaux de remise en état démarrent aussitôt et sont menés "tambour battant". Ils représentent 2 100 00 Frs de dépenses, financées essentiellement par des amis de La Chaux. Elles comprennent la construction d'un bâtiment annexe au bâtiment principal servira jusqu'à aujourd'hui d'atelier de fabrication de sandales. Sœur Blandine gère l'ensemble, sous l'égide de l'association "Le Temps de Vivre" jusqu'en 1990. 1992 : La Communauté "Les Béatitudes" reprend le flambeau. En dehors de ses occupations traditionnelles, elle réalise un grand nombre de travaux pour parfaire ceux déjà effectués ou pour améliorer et compléter l'ensemble. Le montant est évalué à 400 000 Frs. Actuellement, l'ensemble des bâtiments et la Chapelle est la propriété de l'association "Notre Dame de Lachaux", qui en a jusqu'à aujourd'hui donné la jouissance exclusive à la "Communauté les Béatitudes", et ce gratuitement en échange de l'entretien des locaux.